扬州自唐代起就是东南一大都会，富甲天下的大镇，明代是两淮盐业的中心、漕粮转运的枢纽，商贾云集，市廛繁盛，连位居当朝首辅的严嵩，也“广置良田美宅於扬州，无虑数十所”（赵翼《廿二史割记》）。自然也就成了倭寇抢掠的目标。

　　明嘉靖三十三年（1554）正月，倭寇攻掠苏州，二月又攻掠松江。朝廷以应天巡抚兼督军务剿倭。三月，倭寇败于松江，分为两支，一支北窜，一路南逃（翦伯赞《中外历史年表》）。北窜的一支进犯通州（今南通）。通州守将避而退居城中。扬州是留都南京的门户，通州又是扬州的前哨，朝廷急调扬州卫千户洪岱、文昌龄，泰州千户王烈率军星夜驰援，扬、泰两地兵长途奔袭，至南通城下，已是疲惫之师，倭兵以逸待劳，扬、泰援军战败，将领阵亡。

　　倭兵流劫于如皋、泰兴、靖江等沿江一线，四月，倭寇分三路，一路从瓜洲入，一路自新港上，一路由通泰来，沿途纵火焚掠。兼督剿倭军务的应天巡抚闻警急驰扬州，与扬州守将共同御寇守城。参将张恒列营校场（当时新城还未建，教场尚在城外），倭寇在校场的后门设伏，仅以少数游勇，赤裸上体，挥刀挑战。张恒与千户罗大爵、百户曾沂，随即迎击。倭寇见他们中伏，发出暗号，倭寇的伏兵四起，冲突入阵，张、罗、曾皆牺牲于阵。倭寇随即攻城，应天巡抚和扬州知府石茂华“昼夜登陴，与士民同甘苦”，城头弓矢齐放，倭寇久攻不下，在大东门外掠夺财物，焚烧民居后退去。

　　倭寇虽从扬州府城撤退，但并未远离，仍流窜于长江下游沿江一带。同年五月，流窜镇江圌山、金山的倭寇，焚掠江心运粮的漕船，进犯瓜洲。这时岸上有一百多名挑盐工人（后来上奏给朝廷的文书中称他们为“脚兵”），拿起扁担、抬杠，给来犯的倭寇迎头痛击，使“倭不能当，弃刀仗逃走，被伤者颇多”。

　　嘉靖三十四年（1555）另一支从松江南逃的倭寇，在进犯普陀、嘉兴、嘉善、海宁后，自崇明掠苏州、昆山，与北窜的倭寇会合，又犯常、镇各府，占领镇江后，焚烧漕船，进犯扬州。

　　五月，倭寇前锋进至霍家桥。州同知朱裒、高邮卫经历晏锐，千户贾勇，领兵出城，渡河东出，与倭兵在沙河交战。沿河村民奋勇助阵，击毙倭寇领兵的头目，夺还被掳的民众和牲畜。翦伯赞《中外历史年表》记载，嘉靖三十四年（1555），“倭益猖獗，四出纵掠，北犯淮扬诸府，败于沙河”。不久，败倭又纠合增援的敌众，全力进攻小东门，朱裒与晏锐引兵奋战，双双战殁。倭寇也因死伤众多而败退，倭寇从扬州败退后，“东扰通州海门，又分攻常熟、江阴”。后来扬州民众在朱裒、晏锐与倭寇交战的沙口建立双忠祠（1950年塌毁）、在小东门建晏公庙（原址于拓宽马路后，改建为民居）来祭祀这两位御倭守土殉职的官员。

　　倭寇经常来犯，以致“外城萧条，百八十家多遭焚劫”（清·乾隆《江都县志》）。为保护旧城东郊商贾百姓的安全、确保盐课的征收，嘉靖三十五年（1556）知府石茂华继前任知府吴桂芳的计划，向盐商借银三万两，在旧城东郭外环河加筑了一道城墙，是为“新城”。

　　嘉靖三十六年（1557年），“四月，倭犯如皋、劫海门，攻通州、泰兴。五月转掠扬州”（翦伯赞《中外历史年表》），屯扎于湾头，进攻新城东关，“矢及城中”。知府石茂华和扬州民众一起坚守城池。善用西北强弓硬弩的陕西和山西盐商及其家丁们也参加了战斗，晋商阎金，擅长骑射，箭无虚发，毙敌甚多。敌众从死倭的遗尸上拔得箭弩，发现不是南方官军常用的弓箭，以为明王朝已调边军来援，遥望外城巍然，岸高池深，遂不敢攻城。转而“北入山东，西扰天长、盱眙、泗州，还入高邮、宝应，攻淮安”（翦伯赞《中外历史年表》）。

　　被扬州军民击退的倭众，北窜扬州府的高邮、宝应等县。由于宝应城垣在元末被移筑淮安，倭寇在宝应大肆焚掠，《嘉靖东南平倭通录》记载，其时“烈焰烛天，七日不绝，公私庐舍尽毁，市廛夷为平地，杀掠至数千人”，给宝应人民带来一场深重的灾难。

　　在淮安境内，倭寇遭受重创，掘开宝应县北的盐坝，“泄上河水，驾舟经东乡由盐城至庙湾”。

　　侵扰扬州各地的倭寇，沿途遭到军民的协力防御、堵截和出击，只得分股退回海滨的据点。后来官兵在民众的协助下，多次围剿，倭寇先后被聚歼于兴化的白驹和盐城的庙湾。